Actualmente el I.I.P.C.S. está constituido por tres cuerpos colegiados:
Es el órgano rector, con máxima autoridad, que se reúne mensualmente. La Asamblea delega la ejecución de sus acuerdos en la Mesa Directiva.
Lleva a cabo las decisiones y acuerdos de tipo administrativo, de organización y funcionamiento del Instituto.
Propone, plantea y ejecuta todos los aspectos relacionados con lo académico, la enseñanza, la formación de los psicoterapeutas y la investigación.
Propone, plantea y ejecuta todos los aspectos relacionados con lo académico, la enseñanza y la formación del programa de estudios de licenciatura.